Fungsi Badan Pengawas Internal dalam melaksanakan kegiatannya adalah untuk meyakinkan adanya efektivitas pengendalian internal oleh Manajemen, sehingga:

1. Risiko telah diidentifikasi dan dikelola dengan baik.
2. Sistem Tata kelola Universitas yang baik telah diterapkan.  
3. Informasi operasional, manajerial dan keuangan yang signifikan telah dilaporkan secara akurat, handal dan tepat waktu.
4. Tindakan civitas academica telah sesuai dengan kebijakan, standar, prosedur, hukum dan regulasi yang berlaku.
5. Sumber daya telah diperoleh secara ekonomis, digunakan dengan efisien dan dilindungi dengan baik. 
6. Program, rencana dan tujuan Universitas telah dicapai.
7. Program pengendalian kualitas telah dilaksanakan dan upaya perbaikan telah dilakukan secara berkesinambungan  dalam proses pengawasan Universitas,
8. Masalah hukum dan regulasi yang memiliki dampak terhadap Universitas telah diidentifikasi dan ditangani dengan baik.
9. Implementasi dan utilisasi informatif sistem informasi manajemen telah dikelola dengan baik.